Theo kết luận điều tra, từ năm 2006 - 2013, Nguyễn Huỳnh Đạt Nhân thành lập và điều hành hoạt động 7 công ty.

Đầu năm 2011, Nhân gặp Trần Huy Liệu - lúc này là Trưởng phòng Tín dụng Agribank Cần Thơ để trình bày về dự án tại Hậu Giang, muốn vay vốn ưu đãi lãi suất theo Quyết định 63/2010/QĐ-TTg để thực hiện dự án.

Lúc này, Liệu nói, nếu Nhân muốn vay vốn theo Quyết định 63 phải thành lập công ty hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn. Khi nào Nhân chuẩn bị xong hồ sơ, Liệu sẽ giúp đỡ, hỗ trợ vay vốn tại Agribank Cần Thơ.

Tháng 3/2011, Nhân xúc tiến thành lập Công ty Tây Nam, lập dự án “Cụm chế biến nông sản Tây Nam” tại xã Tân Tiến (TP Vị Thanh, Hậu Giang). Khi tiến hành xong các thủ tục liên quan, Liệu nhiều lần đưa Nhân đến gặp Lê Thanh Hải – lúc này là Giám đốc Agribank Cần Thơ để giúp cho Nhân vay vốn hỗ trợ lãi suất và được đồng ý.

Tuy nhiên, do Nhân xin vay số tiền vượt thẩm quyền của Agribank Cần Thơ, nên Hải cùng Nhân mang hồ sơ ra Hà Nội trình Agribank Việt Nam phê duyệt.

Đến ngày 22/11/2011, Agribank Việt Nam có văn bản đồng ý cho Công ty Tây Nam vay 289 tỉ đồng với nhiều điều khoản ràng buộc theo quy định.

Tại thời điểm trên, mặc dù dự án của Công ty Tây Nam chưa được cấp phép xây dựng, chưa có tài sản thế chấp…nhưng Liệu vẫn soạn thảo hợp đồng để Hải ký với Công ty Tây Nam với nội dung Agribank Cần Thơ cho Công ty Tây Nam vay 289 tỉ đồng để xây dựng nhà máy, hưởng lãi suất ưu đãi.

Ngày 17/1/2012, dù chưa có tài sản thế chấp nhưng Hải vẫn giải ngân 20 tỉ đồng cho Nhân để mua thiết bị xây dựng nhà máy. Để “hợp thức hóa” số tiền vay trên, ngày 25/2/2012, Nhân đem tài sản thế chấp cho Agribank Cần Thơ là siêu thị Citimart ở quận Ninh Kiều (TP Cần Thơ) mà Nhân vừa trúng đấu giá ngày 28/12/2011, với giá 104 tỉ đồng và được Hải, Liệu đồng ý nâng giá lên hơn 333 tỉ đồng, theo chứng thư thẩm định giá của Công ty Hoàng Quân để hợp thức hóa giá trị tài sản bổ sung hồ sơ vay.

Sau khi có tài sản thế chấp, Hải và Liệu tiếp tục nhiều lần giải ngân hàng trăm tỉ đồng cho Nhân để thực hiện dự án.

Tuy nhiên, Nhân đã sử dụng sai mục đích số tiền trên, trong đó đem gần 90 tỉ đồng từ số tiền vừa được giải ngân gửi ngược lại Agribank Cần Thơ để hưởng lãi gần 1 tỉ đồng.

Cơ quan điều tra xác định, trong gần 258 tỉ mà Agribank Cần Thơ đã giải ngân cho Công ty Tây Nam, chuyển qua công ty Tân Tiến do Phạm Tường Thi làm đại diện. 

Sau đó, Nhân chỉ đạo rút, nộp và chuyển qua nhiều tài khoản của nhóm công ty do Nhân thành lập để "mất dấu" dòng tiền, sau đó sử dụng cho mục đích cá nhân. 

Kết luận điều tra nêu rõ, Hải, Liệu và Tuấn Anh đã bỏ qua các quy định, thiếu kiểm tra, giám sát dự án, nguồn vốn phát vay, thông đồng nâng khống giá trị thế chấp, thông đồng lập hồ sơ chứng từ khống để tiếp tay cho Nhân rút 258 tỉ đồng từ Agribank Cần Thơ, gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng.

Liên quan đến vụ án này, trong quá trình khám xét nơi ở và làm việc của Nhân, cơ quan điều tra đã thu giữ 1 áo trang phục của lực lượng An ninh nhân dân, 1 cặp cành tùng cấp tá, 1 cặp quân hàm cấp trung tá, 1 cặp quân hàm cấp trung tướng, 1 đèn hiệu ưu tiên và 1 roi điện.