Năm 1980, ông Quỳnh bắt đầu làm việc ở vị trí cán bộ kế toán Đoàn Dầu khí Cửu Long. Làm ở đây 2 năm, đến năm 1982 ông là cán bộ Phòng Kế toán, Công ty Địa Vật lý.

7 năm sau, năm 1989 ông Quỳnh là Kế toán trưởng, Công ty PetroVietnam I. 3 năm sau, năm 1992 là Kế toán trưởng, Công ty Giám sát và Phân chia Sản phầm Dầu khí (PVSC).

Từ năm 1994 đến năm 2000, ông Quỳnh là Trưởng phòng Kiểm toán, Công ty Giám sát và Phân chia Sản phầm Dầu khí

Từ năm 2000 – 2005, ông Ninh Văn Quỳnh làm Phó Trưởng Ban Kiểm toán nội bộ, Tổng Công ty Dầu khí Việt Nam

Từ 2005 – 2008 ông Quỳnh là Phó Trưởng ban Tài chính - Kiểm toán, Tổng Công ty Dầu khí Việt Nam.

Từ năm 2008 – 2014 ông Ninh Văn Quỳnh giữ chức Kế toán trưởng, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam.

Ngày 3/3/2014,  Hội đồng Thành viên Tập đoàn Dầu khí đã bổ nhiệm ông Ninh Văn Quỳnh giữ chức vụ Phó Tổng Giám đốc Tập đoàn. Ông Quỳnh giữ chức vụ này cho đến khi bị khởi tố, bắt tạm giam vào ngày 1/9.

Khi ông Quỳnh giữ chức Kế toán trưởng PVN từ 2008, thì đó cũng là thời điểm ông Nguyễn Xuân Sơn làm Tổng giám đốc OceanBank (từ 1/12/2008 đến 27/12/2010).

Tháng 3/2017 tại phiên xét xử đại án kinh tế tại Ngân hàng thương mại cổ phầnĐại Dương (Oceanbank), ông Ninh Văn Quỳnh đã bị tòa gọi lên để thẩm vấn.

Ông Quỳnh là người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan trong vụ án. Trả lời các câu hỏi của tòa, ông Quỳnh cho biết, thời điểm năm 2010 - 2013, ông này giữ chức Kế toán trưởng PVN. Năm 2011, tổng số tiền gửi của PVN tại Oceanbank lên tới 11 nghìn tỷ đồng. Việc góp vốn theo từng thời kỳ và giữ ở mức 20% cổ phần tại Oceanbank. Việc sử dụng vốn của PVN được sự đồng ý của cấp có thẩm quyền và PVN cũng có nghị quyết liên quan vấn đề này.

Ông Quỳnh khai: “Khoản tiền PVN góp vốn 20% vào Ngân hàng Đại Dương tương đương số tiền 800 tỉ và PVN góp vốn chia làm 3 lần”. Khoản đầu tư vào Occeanbank tính đến năm 2013 PVN vẫn có lợi nhuận và được chia cổ tức. Theo ông Quỳnh, Oceanbank cũng chỉ là một trong những ngân hàng mà PVN gửi tiền để thuận lợi trong các giao dịch. Thời hạn gửi cao nhất là gửi 6 tháng, thấp nhất là 1 tháng.

Ông Quỳnh cũng khai, khi gửi tiền vào Oceanbank, phía PVN không chịu bất kỳ áp lực nào và phía PVN cũng chưa bao giờ nhận tiền “chăm sóc khách hàng” từ Oceanbank.

Hôm 31/8, khai báo tại tòa, Nguyễn Xuân Sơn (nguyên Tổng giám đốc Oceanbank) khai: Bị cáo chi cho anh Ninh Văn Quỳnh 30- 40 tỷ. Mỗi lần Hà Văn Thắm gửi tiền sang, bị cáo lại gọi anh Quỳnh lên đưa tiền. Việc đưa tiền không thành quy luật nào cả. Tiền tất cả đều đưa cho anh Quỳnh lên nhận lại.

"Trước đó bị cáo chi qua anh Quỳnh, sau này cũng vậy. Chi trực tiếp chỉ ngày lễ tết. Tặng quà nhau là thông lệ thôi. Giai đoạn sau thì đưa cho anh Quỳnh, khi lãnh đạo tập đoàn có nhu cầu chi tiêu thì gặp anh Quỳnh. Mỗi năm bị cáo chi 10 tỷ, 5 năm hết chừng 50 tỷ. Bị cáo đều đưa hết cho anh Quỳnh, khi nào cần chi thì lại lấy", Nguyễn Xuân Sơn khai tại tòa.

Tuy nhiên, ông Ninh Văn Quỳnh tiếp tục phủ nhận điều này.

Tại phiên tòa xét xử Hà Văn Thắm và đồng phạm 1/9 nay, Hội đồng xét xử tiếp tục quay lại thẩm vấn Nguyễn Xuân Sơn (nguyên TGĐ Oceanbank) về việc ông này đã dùng tiền Hà Văn Thắm chuyển cho vào việc gì.

Trước tòa, Nguyễn Xuân Sơn tiếp tục khẳng định đã đưa tiền cho Ninh Văn Quỳnh.